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कहानी निकट भविष्य में शुरू होती है, जहां "किज़ुना-टोपिया" (बॉन्ड-टोपिया) नामक एक सामाजिक मोबाइल नेटवर्क दीवार से घिरे शहर में सभी संचार और निगरानी को नियंत्रित करता है।
इस शहर में, दो बहनें, एना और यायाको, युवा, स्वस्थ बच्चों की तलाश में चल रही मानव-खोज का सामना करती हैं। अपहरणकर्ता इन बच्चों का दिमाग निकालने और उनका शरीर बेचने के लिए उन्हें सफेद टावर पर ले जाते हैं। "जिकेई" के नाम से जानी जाने वाली स्थानीय पुलिस के नेतृत्व में इस मानव-शिकार का प्रतिकार उस रहस्यमय व्यक्ति द्वारा किया जाता है जिसे केवल "द विच" के नाम से जाना जाता है।
एना, यायाको और इस शहर के अन्य निवासी जिकेई और द विच के बीच चल रहे संघर्ष के बीच फंसे हुए हैं।
